过分干净的环境与某些过敏反应、自体免疫性疾病的增加存在着显著的联系。
卫生学理论提出，孩童时期接触到常见的病原体，对建立健康的免疫系统非常重要。 根据卫生学理论，在过分干净的环境中，身体将接触不到一定数量和种类的微生物一其实这些“接触”非常有必要，它可以“教育”免疫系统，让其学会在面对传染性物质时发动相应的防御反应。若这类“接触”不够，就容易导致过敏。
儿童越常接触病菌、某些感染，或是越多的社会接触，越能帮助他们的免疫系统发育为过敏少、平衡稳定的状态。然而，卫生环境的改善，以及家庭规模的变小，都降低了免疫系统接触多种细菌、病毒和其他微生物的机会。
小规模家庭
科学家们观察到，小规模家庭中的孩子或是独生子，许多都患有湿疹或花粉热等常见的过敏。在成员较多的大家庭中长大、或是有更多兄弟姐妹的孩子，可能和传染性病原体接触更多，反而较少出现过敏症状。
较少与动物接触
在《临床与实验过敏反应》中发表的一项研究显示，那些出生后第年与狗和猫生活在一起的孩子，今后再与此类动物生活时较少出现过敏症状。与此同时，也有研究表明母亲若在怀孕期间出入于农场或是牛棚，能够减少孩子过敏的机率。
如果缺乏上述的这些接触，免疫系统在面对宠物皮屑或食物中的某些蛋白质等无害物质时，就会过度活跃，进而发动攻击。这或许可以解释过敏性疾病在全世界范围内逐步扩大、特别是在发达国家更加显著的原因。
较少与有害细菌病毒接触
卫生学理论也提出“哮喘的增加可归因于儿童时期与无害细菌和病毒接触较少”这一观点。幼儿时期接触细菌和毒素可预防哮喘。
生活在农场的人群，或是养宠物的家庭，较少会出现哮喘症状——这个事实能有力的支持上述观点。在另一项实验中，科学家们让实验小鼠与蟑螂或容易致敏的蛋白质接触，这项研究结果也可能解释上述的观点：科学家们把实验小鼠分为三组，让第一组小鼠接触末养宠物家庭中的灰尘，第二组不与任何灰尘接触，第三组小鼠先前就接触到与狗相关的灰尘；结果发现，相比起第一组和第二组，第三组实验小鼠肺部发生的哮喘炎症反应大大减少。第三组小眼是受到了约氏乳杆菌（一类存在于肠道的细菌）的保护。当科学家问小鼠喂食约氏乳杆菌后，发现它能够预防由过敏原引起的气道炎症，甚至可以预防呼吸道合胞病毒（RSV）的感染。婴幼儿时期严重的合胞病毒感染，可能会提高罹患哮喘的风险。
过分干净的环境
一项由1, 659名意大利军校学员参与的研究表明，常接触消化道传播微生物、食源性微生物（如弓形虫、幽门螺旋杆菌和甲肝病毒等）的人群，较少出现呼吸道过敏的现象。此项研究结果也表明，发达国家清洁卫生的环境，西化、干净无菌的饮食等，都可能是引发过敏性哮喘和鼻炎的帮凶。
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