其他疾病
自体免疫性疾病与病毒有着非常密切的关联。例如，类风湿性关节炎与Eptein-Bar病毒和疱疹相关。免疫系统在対抗此炎病毒感染的过程中，可能会错误地攻击人体自身的细胞。
药物
药物也可引发类似自体免疫性疾病的症状。系统性红斑狼疮与药物肼屈嗪（一种降压药）、普鲁卡因胺（治疗心律不齐）和异烟肼（抗生素）都有关联。通常在停药数周后,这些症状就会消失。
性別
女性比男性更常罹患自体免疫性疾病。在美国，自体免疫性疾病的患者中约78%是女性。然而，当男性罹患自体免疫性疾病时，通常比女性更严重。
吸烟
有研究显示，吸烟与遗传因素相互作用，可提高罹患系统性红斑狼疮和类风湿性关节炎的风险。吸烟还会诱发炎症、抑制免疫力、破坏DNA等各种形式影响免疫系统。
家族遗传
自体免疫性疾病往往在一个家族中普遍存在。
环境触发
化学物质和紫外线等都是引发自体免疫性疾病的介质。
自体免疫性疾病的宽慰
没有药物可以治愈自体免疫性疾病。非甾体抗炎药（NSAID）、止痛药或类固醇等是常用的控制免疫系统反应的药物。然而，常用的NSAID，除了阿司匹林和萘丁美酮外，都会导致人类肠道通透性增加。此外，这些药物还可能会增加感染、月经紊乱、体重增加、白内障、骨质疏松症和2-型糖尿病等的风险。
幸运的是，最近有证据显示，透过将某些食物从饮食中去除，可帮助降低肠道的通透性。
- 将肉类和乳制品从饮食中除去。
- 坚持低动物脂肪和低植物油的饮食习惯。
- 尽量减少摄入植物油（包括芝麻油、玉米油和花生油），因为它们的0mega-6脂肪酸含量都非常高，过量摄取时会加重炎症反应。
- 对于某些人来说，小麦或玉米等也是过敏原、这些食物可能会触发这心部分人的自体免疫性疾病；所以这些人应该在饮食中避免摄入此类食物，即能帮助制止自体免疫性疾病。
研究人员认为，只要做到上述几点就可以减轻炎症，从而降低肠道渗透性。
以植物性Omega-3脂肪酸对抗自体免疫性疾病
现代饮食除了肉类和乳制品含量过高，也充斥着过多的Omega-6脂肪酸（存在于植物油、加工食品和快餐中），而Omega-3脂肪酸的摄取量却不足。因此，均衡的膳食、多吃植物性食物能帮助预防或者减轻自体免疫性疾病。尤其是应该多吃富含Omega-3脂肪酸的植物性食物，以此来均衡饮食中的Omega-6脂肪酸。
奇异果籽
奇异果籽大约含有62 %的a-亚麻酸（ALA）——一类仅存在于植物中重要的Omega-3脂肪酸。ALA是制造前列腺素的必需物质，而前列腺素在免疫功能方面扮演着重要的角色：它可以调节炎症反应，促进身体对抗感染的能力。
鼠尾草籽
鼠尾草籽不仅是Omega-3脂肪酸的良好来源，所含的丰富抗氧化剂也能滋养免疫系统。鼠尾草籽还含有丰富的纤维，可以帮助维持消化道的健康，并预防胃肠道疾病。
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