不少人以人工合成的褪黑激素作为调节时差和对抗失眠的药物。然而，就像所有药物一样，人工合成的褪黑激素补充剂也具有副作用，并且可能与其他药物发生相互影响。
人工合成的褪黑激素含有化学合成或来自动物的褪黑激素。以动物性褪黑激素制成的褪黑激素药物可能含有生物污染物或病毒，并可能引起神经组织退化损伤和致命疾病。市面上销售的人工合成褪黑激素，多数是取自于动物松果体组织的褪黑激素，当人体吸收了动物性褪黑激素后，身体可能会受到污染。
人工合成的褪黑激素还可能会造成如腹痛和持续困倦等副作用，而这些副作用在免疫系统孱弱者身上显得较为严重。因此医生建议罹患精神疾病、严重性过敏症或癌症者最好避免服用人工合成的褪黑激素。此外，医生也建议孕妇避免摄取人工合成的褪黑激素。
美国食品与药物管理局（FDA）把褪黑激素当成食品补充剂，不以药物列管。对于食品补充剂的规范，远没有处方药或者市售药物严格。市面上销售的人工合成的褪黑激素剂量较高，当人体摄取剂量过高的褪黑激素时，将会导致低体温、不孕、抑制生殖机能等副作用。高剂量的褪黑激素也会增加癫病的发病率，并可能造成晕眩，因此服用褪黑激素期间，最好避免开车或操作高危险机械。同时褪黑激素可能会干扰抗抑郁药物的作用。因此专家建议已在服用抗抑郁药物的患者，同时服用褪黑激素时，最好能有比较周密的监测。
人工合成的褪黑激素甚至可能危害健康。研究表明，人工合成的褪黑激素会在早晨减少胰岛素的释放，在夜间降低胰岛素的敏感度，从而削弱人体对葡萄糖的耐受性。
天然褪黑激素
近年来的研究发现，褪黑激素不仅存在于动物中，在植物里也普遍存在。存在于天然植物中的褪黑激素，与人工合成的褪黑激素相比益处更多。植物所含有的褪黑激素天然完整，不但能将褪黑激素促进睡眠的效果发挥得宜，更不会伤害人体。此外，天然植物还富含纤维和许多其他营养成分，对人体助益良多。
九十年代中期，褪黑激素首次被发现存在于植物中。自此之后，研究人员便发现褪黑激素存在于许多植物的根部、嫩芽、叶子、果实和种籽中。
科学家们发现植物的花和种籽含有较高量的褪黑激素，它具有抗氧化的作用，可帮助植物抵御紫外线、干燥、极端温度、化学污染等引起的氧化损害。花和种籽是植物的繁殖器官，较易受到氧化物的攻击，因此科学家们推测在这些器官中含有大量的褪黑激素，可以防御外来侵袭。
一些实验的结果显示，以富含褪黑激素的植物喂食动物后，动物血浆中的褪黑激素浓度会升高，证明动物可以透过食用含有褪黑激素的植物性食物来补充体内的褪黑激素。
植物性饮食助睡眠
黄芩
黄芩对睡眠的帮助得益于其中所含的天然褪黑激素。北京的清华大学研究人员在实验中观察到黄芩的种籽、花和叶子都富有较高含量的天然褪黑激素。此外，研究人员测量了黄芩、贯叶连翘、小白菊等植物中的褪黑激素含量，发现黄芩的褪黑激素含量最高，达7,110纳克/克。因此作用广泛、功效繁多的黄芩，是消除导致失眠的焦虑症、帮助轻松入眠的极好选择！
植物中的褪黑激素含量
| 植物 | 褪黑激素含量
（纳克/克） |
| 黄芩 | 7,110 |
| 贯叶连翘花 | 4,390 |
| 小白菊，绿叶 | 2, 450 |
| 小白菊，金叶 | 1, 920 |
| 贯叶连翘叶 | 1,750 |
| 白芥菜籽 | 189 |
| 黑芥菜籽 | 129 |
| 枸杞籽 | 103 |
| 胡芦巴籽 | 43 |
| 葵花籽 | 29 |
| 茴香籽 | 28 |
| 苜蓿籽 | 16 |
| 绿豆蔻籽 | 15 |
| 蒙特默伦西樱桃 | 14 |
| 亚麻籽 | 12 |
| 洋茴香籽 | 7 |
| 芫荽籽 | 7 |
| 芹菜籽 | 7 |
| 罂粟籽 | 6 |
| 苦苣菜子 | 2 |
| 巴拉顿湖樱桃 | 2 |
西番莲（百香果）
西番莲原产于美国热带地区，由于拥有清新滋味，因此常被用作饮品。一项刊登在《药膳期刊》的研究指出，西番莲能在不干扰记忆形成的情况下发挥镇静功效，其镇静功能有别于会导致失忆的镇静安眠药。
西番莲也能促进睡眠，此功能来自富含其中的生物碱类和类黄酮。西番莲内的生物碱类包括哈尔满、哈尔酚、骆驼蓬碱、哈马灵和西番莲花碱。西番莲的白杨素类黄酮使西番莲具有镇静功效。西番莲也含有血清素，科学家指出，血清素能改善睡眠品质，若体内缺乏血清素则会导致失眠和抑郁等症状。
菊花
菊花通常用来泡茶，主要生长在中国，是治疗如疖、痈、发烧和结膜炎等各种症状的传统草本。菊花甜中带苦，能经由纾解压力来促进睡眠。此外，菊花有助于提神，可产生平静的作用。
菊花中的植物营养素包括类胡萝卜素、木犀黄色精葡萄糖苷和以类黄酮形态呈现的活性复合物，如芹菜素和木犀草素。芹菜素与苯二氣受体结合后可以减轻焦虑，镇静剂和抗焦虑药物也是以同样的方式来减轻焦虑。
薰衣草
薰衣草是一种能缓解压力、促进睡眠、对免疫系统有益的草本植物。薰衣草含有具有舒缓功能的复合物。薰衣草茶被德国官方认可具有促进睡眠的功效。
相较于安眠药，薰衣草和薰衣草精油更能使疗养院患者睡得安稳。此外薰衣草能透过促进血液循环来助益睡眠；因为人的心律会在睡眠时下降，此时薰衣草促进血液循环的功能就显得非常重要。科学家发现一种口服薰衣草胶囊的功效与苯二氮（一种被指定为消除紧张的药物）减轻紧张情绪的功效相仿，并且没有药物引起的镇静效果或滥用药物的可能性，因此薰衣草有助于纾缓因焦虑而引发的失眠。薰衣草也可缓解疼痛，能抑制引起发炎和疼痛的荷尔蒙反应，以此来缓解由于头痛引发的睡眠问题。
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