源自动物的葡萄糖胺补充剂
市面上的葡萄糖胺补充剂大多取自人工养殖的甲壳类动物的壳，如虾壳和螃蟹壳等。这些制成葡萄塘胺补充剂的甲壳类动物的壳80%来自中国。为保证养殖的成活率，以及追求更高的经济效益，某些不法商贩在养殖过程中添加抗生素、生长激素等，这将对人体造成危害。 动物性的葡萄糖胺补充剂存在诸多隐忧：
甲壳类动物过敏
甲壳类动物过敏会出现严重的嘴唇、舌头和喉咙肿胀，导致呼吸困难。呼吸时出现杂音和呼吸急促是常见的症状，并会出现可能致命的血压降低现象。
曾有报导指出，有人因为使用硫酸氨基葡萄糖胺而引起了非常严重的过敏性反应，症状包括喉咙肿胀等。有个案显示葡萄糖胺和软骨素产品与哮喘的恶化有关。
污染与生态环境危机
甲壳类动物
无论是野生还是人工养殖的甲壳类动物都容易被污染：甲壳类动物和螃蟹吃下硅藻类（会产生对人体有害的软骨藻酸）或其他有毒藻类，又或是被未经处理排向海洋的污水、氯霉素等抗生素、生长激素等污染后，毒素及污染物就会沉积在体内或外壳。而食用被污染的甲壳类动物可能危害生命。
鲨鱼
鲨鱼软骨被用来制造硫酸软骨素产品。鲨鱼处于海洋食物链的最顶端，体内含生物累积毒素（如甲基汞，存在于肌肉、神经组织和软骨中），而这些毒素来自受污染的环境和受污染的猎物。甲基汞是毒性最强的一种含汞化合物，它会影响免疫系统和损害神经系统，其中包括身体协调能力以及触觉、味觉和视觉。甲基汞更可能会伤害胚胎的发育，其伤害比对成人造成的伤害高五至十倍。
鲨鱼软骨素通常从“极度濒危”的白斑角鲨或“受威胁物种”蓝鲨的软骨中获取。
牛
硫酸软骨素通常取自于牛的气管软骨。不安全的生产方式如使用患病牛组织来生产的硫酸软骨素，会导致罹患疯牛病的危险。
副作用
人造的葡萄糖胺补充剂除了以上提到的环保及污染等问题，还不可避免地存在着抗胰岛素性、本身无功效、影响其他药物作用等副作用:
抗胰岛素性
葡萄糖胺在动物体内具有比普通葡萄糖强十倍的抗胰岛素性，它会激活体内的代谢途径，使胰腺中分泌胰岛素的细胞退化，并导致抗胰岛素性。这两种情况都是造成糖尿病的因素。约翰霍普金斯大学的科学家发现，激活此类代谢途径会导致蛋白质被糖覆盖, 进而阻挡蛋白质传达胰岛素调节血糖的讯息。
根据一项刊登在《内分泌学期刊》、由拉瓦勒大学作出的研究发现，高剂量或长期使用葡萄糖胺将导致胰腺细胞凋亡，并可能增加罹患糖尿病的风险。
关节疼痛的研究结论
由美国国立卫生研究院资助的葡萄糖胺/软骨素关节炎干预试验（GAIT），是一项大型随机式安慰剂对照试验。研究人员进行了短期和长期研究后发现，与安慰剂相比，盐酸氨基葡萄糖胺和硫酸软骨素无法更有效地减轻膝骨性关节炎疼痛或减缓软骨流失。
研究人员在一项由3,803名膝盖或臀部骨关节炎患者参与的试验中得到相似的结果。他们指出，葡萄糖胺、软骨素和它们的组合物与安慰剂相比，无法减少关节疼痛或使关节间隙变窄。
一项研究显示，食用硫酸氨基葡萄糖胺六个月并不会改善后背疼痛和退化性腰椎骨关节炎的症状。
根据一项临床试验整合分析，软骨素对缓解膝部或臀部骨关节炎患者的疼痛，只有微乎其微的效果，甚至毫无功效。
药物的交互作用
葡萄糖胺不可与苄酮香豆素钠（ Warfarin）一同服用。苄酮香豆素钠会使血液凝结变慢。有报告显示，服用含有或不含软骨素的葡萄糖胺补充剂会增强苄酮香豆素钠的功效，使血液凝结变得更慢，进而导致严重的瘀伤和流血。盐酸氨基葡萄糖胺和硫酸氨基葡萄糖胺与癌症药物一起服食，可能会削弱这些癌症药物的疗效。
硫酸氨基葡萄糖胺
硫酸氨基葡萄糖胺会导致一些轻微的副作用，包括恶心、心灼热、腹泻和便秘。较为不寻常的副作用包括晕眩、皮肤反应和头痛等。
由于目前尚缺乏足够的可靠科学依据证明怀孕或哺乳时服食硫酸氨基葡萄糖胺的安全性，因此，建议怀孕或哺乳的女性应避免服食硫酸氨基葡萄糖胺。
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