1-型糖尿病、牛皮癣、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎一这些都是生活当中经常能够听到的疾病，但其实它们都有着共同之处：同属于一类被称为自体免疫性疾病的慢性疾病；自体免疫性疾病困扰着世界上至少5 %的人口。
自体免疫性疾病至少有80种，可在许多器官发病，井引起各种不同的症状。自体免疫性疾病源自于混乱的免疫系统攻击身体正常的组织。这不同于功能正常的免疫系统；因为正常的免疫系统只攻击对身体有害的物质，例如细菌、病毒、毒素和肿瘤细胞等。
自体免疫性疾病的例子
| 疾病类型 | 影响 |
| 炎症性肠疾病 | 胃肠道 |
| 多发性硬化症 | 大脑、脊髓 |
| 牛皮癣 | 皮肤 |
| 类风湿性关节炎 | 结缔组织、关节 |
| 干燥综合征 | 泪腺、唾液腺、肾脏、肝脏 |
| 系统性红斑狼疮 (SLE) | 皮肤、关节、肾脏、大脑 |
| 1-型糖尿病 | 心脏、血管、神经、眼睛、肾脏 |
饮食与自体免疫性疾病
摄入肉食和乳制品易提高罹患自体免疫性疾病的风险，如炎性多关节炎（指同时涉及五个或更多关节的各类关节炎）。一项为期四年的研究发现，来自英国诺福克的25,630名年龄介于45-75岁的人群中，吃红肉最多的人较红肉摄入量最少的人，罹患炎性多关节炎的风险高出两倍多；而乳制品摄取量最多的人较之乳制品摄取量最少的人，罹患炎性多关节炎的风险高两倍。
一些研究表示，以牛奶为基础配方的婴儿奶粉，以及童年时期喝牛奶的习惯，都可能会促进1-型糖尿病的发展。
摄入肉类和乳制品是如何增加罹患自体免设性疾病的风险呢？
引发炎症，增加肠道通透性
摄入酒精或者服用药物等，都可引致肠壁发炎。而肉类和乳制品也被认为是肠壁发炎的罪魁祸首。在日本，随着最近20多年来人们日常生活中肉类、动物脂肪、乳制品摄入量的增加，有记录的克罗恩病和溃疡性结肠炎（两者均属于炎性肠道疾病）的患者数量呈上升趋势。炎症引发身体释放的某些化学物质，会溶解肠道的粘膜。
人体摄入的食物会在肠胃进行消化、分解成小分子后，才会透过肠壁进入血液中。肠壁就像一层过滤网，又像是一个把关者。若肠壁这层过滤网被破坏（通常在发炎的情况下），肠道的通透性将会增加（通常被称为肠漏），这会使未经完全消化的大分子物质穿过肠壁进入血液。这些物质沉积在身体某些器官后，会刺激免疫系统启动炎症反应。当攻击外来物质时，免疫系统可能会错误攻击外来物质所在的器官，从而导致自体免疫性疾病。
许多自体免疫性疾病，如多发性硬化症，其中一个特征就是不正常的肠道渗透性。科学研究显示，绝大多数的自体免疫性疾病患者，其肠道通透性都不断增加。事实上，似乎许多类型的1-型糖尿病患者在发病前，都有肠道通透性增加的症状。对于那些克罗恩病的高风险患者来说，小肠粘膜通透性增加是常见的症状。
分子模拟
肉类和乳制品也可由另一种方式来引发自体免疫性疾病：它们与人体拥有相似的蛋白质结构或相似的氨基酸序列。由于这些相似性，免疫系统在分解、破坏外来的动物性蛋白质时，会分不清外来的动物性蛋白质或人体本身的蛋白质，从而错误地对人体蛋白质发动攻击。
科学家们研究了从类风湿性关节炎患者身上提取的特异性抗体。这些抗体会攻击人体II-型胶原蛋白（软骨的成分之一）；而测试显示，这些抗体同样会攻击鸡和牛的11-型胶原蛋白，这表示食品中的胶原蛋白会导致该抗体攻击人体自身的胶原蛋白。
另一项研究发现，从类风湿性关节炎患者身上提取的抗体，可识别攻击牛奶中的白蛋白。此白蛋白中的一部分与人体中的三种蛋白质非常相似：人类1-型胶原蛋白、补体C1q及维生素D结合蛋白。
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